Флора национального парка насчитывает 754 вида растений из них 21 видов редкие и изчезающие растений засенесённые в Красную книгу РК (адонис весенний, башмачок настоящий, башмачок крупноцветковый, кувшинка чисто-белая, кладиния оленья, ольха клейкая, сфагнум гладкий, гуперция баранец, лук желтоватый, тюльпан поникающий, ятрышник майский, прострел желтеющий, прострел раскрытый, пион уклоняющий, росянка круглолистная, ковыль перистый, адонис волжский, зимолюбка зонтичная, дремлик болотный, пион степной, дремлик болотный) и 79 вида реликтовых растений. Наиболее представительными являются следующие семейства - астровые (12,1%), мятликовые (6,8%), розоцветные (6,2%), осоковые (6,1%), норичниковые (3%), губоцветные- (2,8%), болотниковые (2,7%), зонтичные(2,4%) и другие.